Zusammen mit der zu Dänemark gehörenden Insel Man bildete Rügen vormals ein zusammengehöriges großes Plateau bestehend aus Kreidekalk. Dieses Plateau wurde von tektonischen Bewegungen der Erdkruste an die Oberfläche gedrückt. Durch Verwerfungen und Erosion ist der bei weitem größte Teil der damaligen Landmasse wieder verschwunden. Nur die Inseln Rügen und Man blieben von dieser Landmasse übrig. An Ihren markanten Kreidefelsen ist deutlich erkennbar, dass es sich quasi um Schwesterinseln handelt.
In seiner Geografie stellt sich die Insel als ein ungewöhnlich stark zerklüftetes Gebilde vor. Unzählige Halbinseln, Inseln und Bodden prägen das Gesicht Rügens. Dennoch wirkt dieses Gesicht nicht wie das einer alten Frau. Gerade die ungemein wechselnde Landschaftsabfolge macht Rügen zu einer der allerschönsten Ostseeinseln. Der Kern der Insel und die Jasmunder Halbinsel umschließen den Jasmunder Bodden, der wie ein Binnenmeer auf der Insel wirkt. Auch ist der Salzgehalt des Wassers im Jasmunder Bodden deutlich niedriger als im offenen Meer. Sogar ausgewiesene Süßwasserfische gibt es hier. Die eingangs erwähnten Kreidefelsen stellen eine weitere der landschaftlichen Perlen dar. Die Gruppe dieser Kreidefelsen trägt den Namen Stubbenkammer und der Königsstuhl ist der bekannteste von Ihnen. Schon der große Maler der Romantik, Caspar David Friedrich, ließ sich von ihnen bezaubern und widmete ihnen eines seiner bekanntesten Gemälde. Die Insel Rügen hat einige kleinere Ableger, deren bekannteste und größte Hiddensee ist. Weitere sind die Inseln Ummanz, Öhe, Heuwiese und Liebitz.
Die geografische Lage der Insel schlägt sich auch klimatisch nieder. Die Sommer sind mild und warm. Die Winter hingegen sind deutlich von den sich jeweils einstellenden Luftströmungen geprägt. Normalerweise wirkt das umgebende Meer als Wärmespeicher. Wenn jedoch Luftmassen aus dem Osten oder Norden anrücken, ist Rügen den kalten Winden schutzlos ausgeliefert und es können sich außerordentlich kalte Witterungsperioden einstellen.